Autentyczność czczonych w Świątyni Sybilli szczątków podawana była niejednokrotnie w wątpliwość, a wokół prawdziwości czaszki Kochanowskiego rozgorzał nierozstrzygnięty do dziś spór. W ogóle losy szczątków Mistrza Jana z Czarnolasu były nadzwyczaj skomplikowane. Zmarł w Lublinie w sierpniu 1584 r., dokąd udał się, by wnieść skargę do króla w sprawie zabicia przez Turków swojego szwagra Jakuba Podlodowskiego. Przyjęło się mówić, że to był zawał. Ale najnowsze badania mówią, że równie mógł to być udar. Z powodu panującego wtedy upału, poetę pochowano w podziemiach bazyliki Dominikanów. Po roku żona Kochanowskiego Dorota zabrała szczątki męża do Zwolenia. Tam odbył się drugi pogrzeb. Szczątki Jana złożono pod posadzką kościoła, gdzie leżały kilkadziesiąt lat, do czasu wzniesienia przy świątyni kaplicy Kochanowskich. Przeniesiono do niej trumnę poety i jego szczątki spoczywały tam w spokoju do 29 kwietnia 1791 r., gdy do krypty zszedł Tadeusz Czacki (historyk i oświatowiec). Bez świadków otworzył trumnę, która miała, jak twierdził, cynową tabliczkę identyfikującą poetę i ponoć dla badań antropologicznych, bez żadnej emfazy czy emocji, zabrał czaszkę. Coś, co nam współczesnym wydaje się potworne, było wtedy powszechne i zgodne z tradycją chrześcijańską. Czacki znany był z kolekcjonowania czerepów, ten należący do Kochanowskiego ulokował w swojej kolekcji w Porycku na Wołyniu i pięć lat później ze świadectwem autentyczności (podpisanym i opieczętowanym przez niego samego) sprezentował go księżnej Izabeli Czartoryskiej do Świątyni Sybilli, aby „z innymi pamiątkami Ojczyzny naszej i zasłużonych w kraju ludzi dla czci od obecnych i przyszłych pokoleń zostawała”. Czaszka najpierw była w Puławach (umieszczona w specjalnie zaprojektowanym, początkowo podobno gipsowym a wkrótce wyrzeźbionym z chęcińskiego marmuru, stylizowanym na sarkofag wsparty na czterech lwich łapach, miniaturowym nagrobku eksponowanym w górnej kondygnacji muzeum), następnie – po zawierusze popowstaniowej – czaszka, podobno nieco uszkodzona, trafiła wraz z resztą zbiorów księżnej do hotelu Lambert w Paryżu, a w końcu, gdy kolekcję można było bezpiecznie przywieźć do kraju, trafiła do Muzeum Czartoryskich w Krakowie, gdzie znajduje się od 1876 r. do chwili obecnej.

W okresie międzywojennym czaszka ta, z powodu podnoszonych wcześniej intrygująco małych jej rozmiarów, stała się przedmiotem dokładnych badań antropologiczno-historycznych i… zaczęło się. Ówcześni badacze stwierdzili bowiem, że małych rozmiarów czaszka posiada cechy kobiece, a porównania z portretami członków rodziny Kochanowskiego (nie zachował się żaden portret poety wykonany za jego życia) nie potwierdziły autentyczności tego eksponatu. Minęło wiele lat i historią kości Mistrza z Czarnolasu zainteresował się prof. Franciszek Ziejka, historyk literatury polskiej i były rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego, który chciał, by głowa poety spoczęła w Krypcie Wieszczów Katedry Wawelskiej, uważając iż nie wypada, żeby czaszkę największego poety eksponowano w muzeum, lecz powinna być złożona w grobie, albo w świątyni (podobne stanowisko poetycko wyraził ponad 100 lat temu młodopolski poeta Wacław Rolicz-Lieder w wierszu „Czaszka Jana Kochanowskiego”). W tym celu należało ostatecznie wyjaśnić jej autentyczność. Dzięki inicjatywie prof. Ziejki czaszka została przekazana z Muzeum Czartoryskich do Instytutu Ekspertyz Sądowych, gdzie przeszła dokładne badania antropologiczne i genetyczne, które wykazały, iż czaszka, która przez ponad 200 lat uważana była za czaszkę poety Jana Kochanowskiego, należy jednak do kobiety! Jest drobna, okrągła, typowo żeńska. Prawdopodobnie należała do kobiety średniego lub niskiego wzrostu w wieku 38-47 lat. Sensacyjne odkrycie nie rozwiązało wszystkich wątpliwości. Jak widać, czaszkę Kochanowskiego poddawano badaniom wielokrotnie i dowiedziono jedynie, że niczego do końca nie można być pewnym. Według jednych ekspertów Kochanowski miał małą głowę budową bliższą kobiecej, niskie czoło, szeroko rozstawione oczy, wydatny, a może nawet orli nos. Według innych, którzy komputerowo zrekonstruowali twarz, nie była to męska czaszka typu kobiecego, a czaszka kobiety, bardzo urodziwej, o pucułowatej okrągławej buzi, skośnych oczach, z dużym, szerokim nosem. Co zrodziło kolejne tezy: albo to czaszka żony Kochanowskiego, Doroty z Podlodowskich, albo mistrz miał kobiecy typ urody. Prof. Jan Widacki, adwokat i kryminolog, który czerep badał w latach 80. XX w. podziela tę drugą tezę: czaszka rzeczywiście jest typu kobiecego, mała, regularna. Ale typ czaszki nie determinuje płci. Bo na przykład czaszka św. Jadwigi była typowo męska, a Słowacki cały szkielet miał typu kobiecego. Są więc, jak wyjaśnia prof. Widacki, kobiety z czaszkami męskimi i mężczyźni z czaszkami kobiecymi. Wtóruje mu prof. Bronisław Młodziejowski, prezes Polskiego Towarzystwa Kryminalistycznego. Według niego płeć genetyczna może być inna niż fenotypowa, czyli ta związana z wyglądem i budową organów płciowych. Tyle o czaszce. Alina Aleksandrowicz we Wprowadzeniu do lektury w „Opisach niektórych pamiątek zachowanych w Świątyni Sybilli w Puławach” kwituje problem jednym zdaniem: Autentyczność czczonych w Świątyni Sybilli szczątków podawana była niejednokrotnie w wątpliwość, a wokół prawdziwości czaszki Kochanowskiego rozgorzał spór, którego nie będziemy tu referować ze względu na odrębność przedmiotu rozważań.

Jak się to wszystko ma do funkcjonującego w świadomości Polaków i powszechnie rozpoznawalnego wizerunku (słuszna postura, ogromna głowa z wysokim czołem, wzbudzająca szacunek broda) poety z Czarnolasu? Okazuje się, że to tylko nasze wyobrażenia o mistrzu Janie. Wyżej wspomniano, że nie zachował się żaden portret Jana Kochanowskiego wykonany za jego życia, nikt więc dziś nie wie, jak wyglądał naprawdę. Warto tu nadmienić, że Sebastian Klonowic postulował, aby od razu po pogrzebie zrobić Kochanowskiemu grób z drogiego marmuru, i aby jego postać rzeźbił sławny Phidias. Ale tak się nie stało. Dopiero kilkadziesiąt lat później Kochanowscy ufundowali kaplicę, w której zawisło marmurowe epitafium. Znany nam wizerunek Jana z Czarnolasu, to wytwór wyobraźni artysty-rzeźbiarza, który po przeniesieniu trumny poety do ukończonej w 1610 roku kaplicy Kochanowskich w Zwoleniu, a więc ponad 25 lat po śmierci Kochanowskiego, wykonał marmurowy nagrobek/epitafium z „podobizną” poety. Ów anonimowy rzeźbiarz opierał się przy tym na ustnych relacjach bratanka renesansowego mistrza, sędziego ziemi lubelskiej - Adama Kochanowskiego, który przedstawił jemu stryja Jana jako rosłego, silnego mężczyznę.

Powyżej pochodzące z lat dziesiątych XVII wieku i istniejace do dziś, czyli liczące około 400 lat eptafium Jana Kochanowskiego w kaplicy Kochanowskich (zwanej też kaplicą św. Franciszka) przy Kościele p.w. Podwyższenia Krzyża Świętego w Zwoleniu. Wykonane jest ono z czerwonego marmuru chęcińskiego i przedstawia rzeźbione popiersie Jana Kochanowskiego, ukazanego w stroju włoskim. Pod nim inskrypcja w języku łacińskim głosi:

W innym przekładzie zasadnicza część tej inskrypcji brzmi: „Tu spoczywa Jan Kochanowski, wojski sandomierski oraz godnie informuje: Niechaj ten nagrobek będzie znakiem widocznym, by światły przechodzień nie przeszedł bez uczczenia prochów tak wielkiego męża, którego pamięć u ludzi wykształconych trwać będzie wiecznie” [przeł. Mirosław Korolko]. Łatwo zauważyć, iż nie ma w niej ani słowa o „poecie”. Umieszczone ponad napisem popiersie Jana ukazuje go nie z piórem i księgą czy w wieńcu laurowym, lecz w hiszpańskiej kryzie (lub jak chcą inni „w stroju włoskim”) i z rękawiczkami w dłoni, czyli z atrybutem „pańskości” i elegancji, znanym z portretów królewskich i magnackich. Dlaczego? Bo w Sarmacji poeta mógł zdobyć wierszami sławę, ale niekoniecznie szacunek wśród „obywatelstwa”. „Obywatelem” zaś był wyłącznie szlachcic. Więc pisano na nagrobku, że zmarły był Polakiem zacnym, szlachcicem dzielnym, obowiązkowo wymieniając piastowany urząd. A poezja? Należała do innego porządku rzeczy.

W świetle aktualnej wiedzy, jest to najstarszy wizerunek Jana Kochanowskiego i przynajmniej przez artystów (grafików, malarzy, rzeźbiarzy) jest on uznawany za najbliższy autentyczności. Na nim wzorował się m.in. Jan Matejko, na nim też wzorowana jest rzeźba głowy poety eksponowana w Muzeum Jana Kochanowskiego w Czarnolesie.

Na powyższych wizerunkach (i wielu innych) Jan Kochanowski ma twarz mocno wydłużoną, okoloną zarostem, z gęstą długą brodą i sumiastymi wąsami oraz czoło wysokie z zaznaczonymi kątami czołowymi. Tymczasem, oprócz kontrowersyjnej czaszki, przeczą temu wyniki analizy grafologicznej pisma poety. Eksperci wzięli pod lupę rękopis jego listu do księcia Albrechta (tego od hołdu pruskiego) i ocenili, że Kochanowski był wątłego zdrowia i słabej kondycji fizycznej. Mit o postawnym mężczyźnie upada, a najbardziej prawdopodobny konterfekt z marmuru wzbudza nie mniej kontrowersji niż czaszka w kosztownej puszce sprzed dziesięcioleci.

Oparte na badaniach antropologicznych i genetycznych czaszki z grobu poety, która okazała się bez wątpienia czaszką kobiety, w środowisku naukowców krążyły od dawna, nie będące żadną tajemnicą, podejrzenia iż Jan Kochanowski był płci żeńskiej. Oczywiście wychodziły one z założenia, że badana czaszka autentycznie pochodziła z trumny poety. Na przykład Ewa Kołodziejczyk z Instytutu Filologiczno-Pedagogicznego Politechniki Radomskiej, po zbadaniu stosunku rymów żeńskich do męskich w twórczości Kochanowskiego zastanawiała się, czy poeta, który używa tylu rymów żeńskich, to aby na pewno mężczyzna? Pewnym faktom zaprzeczyć się nie da. Jan z Czarnolasu miał słabość do lipy, a jak Polska długa i szeroka o mężczyznach mawiało się i mówi "chłop jak dąb!", chłop na schwał. A Kochanowski siadał pod lipą; żaden prawdziwy mężczyzna nie siada pod lipą...

Ciekawą próbą syntezy tych opinii jest najnowszy, bo odsłonięty w 2006 roku, pomnik Jana Kochanowskiego w Radomiu (na zdjęciu poniżej), przedstawiający poetę siedzącego z szeroko rozstawionymi nogami, zwany przez radomian "rodzącym Jankiem".

Autorem tego pomnika jest prof. Jan Kucz, notabene członek Stowarzyszenia Satyryków Polskich, który twierdzi, że sztuka nie jest kopią rzeczywistości, sztuka jest stosunkiem do rzeczywistości, opinią o rzeczywistości. Te nóżki nie muszą być jak u Chopina salonowo założone. Pomnik nie jest formą sztuki dla bezmyślnych, którzy przyjdą, popatrzą i stwierdzą: o, jak on siedzi. Pomnik jest dla tych, którzy podejmują rozważania natury symbolicznej. Według znawców tematu pozycja "w rozkroku" chętnie przyjmowana przez portretowanych sarmatów, wymuszona była budową ówczesnych mebli, w tym wypadku ogromnego i szerokiego krzesła.

Jeszcze dalej posunęła się grupa artystów „Muzeum Łodzi Kaliskiej”, która w maju 2014 r. zorganizowała wystawę zatytułowaną "Heroizm Niewieści w sztuce niezwykłej artystki dotychczas znanej pod pseudonimem Jan Kochanowski (1530-1584)". W opisie tej wystawy jej autorzy piszą m.in.: […] Zapisy Kochanowskiej ukazują wręcz futurystyczną intuicję artystki […]. Nie mieści się w głowie, by w 1550 r. toczyć dyskusję gender w obszarze sztuki, i to z takim dystansem do otoczenia! […] zapisy ukazują również niezwykły dramat artystki, która by móc funkcjonować w społeczeństwie w pełnym wymiarze swoich możliwości i talentów, musiała przyjmować postać mężczyzny (i to z brodą - która notabene wpisując się w ówczesną modę, była genialnym pomysłem maskującym). Na szczęście wyprzedzający swoje czasy geniusz Kochanowskiej nie traktował otaczającej sytuacji jako oczywistej i miał pełną świadomość podwójnej gry oraz rangi dokonań zrealizowanych w jej wyniku. A przecież ryzykowała poddanie ich ocenie z niemożliwej do przewidzenia wówczas perspektywy czasowej! […]. Mając na uwadze dadaistyczno-surrealistyczny (w wyrazie happeningowy) program artystyczny grupy „Łódź Kaliska” (od 1989 r. „Muzeum Łodzi Kaliskiej”) można uznać, że wszystko w ich twórczości jest elementem i przedmiotem niekończącej się zabawy o hedonistycznym przesłaniu. Nie można jednak bagatelizować ich wystawy, gdyż jest ona wyraźnym sygnałem, że mimo wielu badań i ekspertyz naukowych, postać Jana z Czarnolasu pozostawia nadal szerokie pole do przypuszczeń, domysłów, czy nawet mało prawdopodobnych teorii. Agnieszka Kwiatkowska z Wydziału Filologii Polskiej i Klasycznej UAM uważa pomysł, że Kochanowski mógł być kobietą, za kontrowersyjny. Potwierdza przy tym, że w jego twórczości można odnaleźć wiele wątków kobiecych, a może nawet feministycznych. Na tle kultury polskiego renesansu wydaje się on człowiekiem nowoczesnym, przyznającym białogłowom prawo do samodzielnego myślenia. To jednak nie tyle kwestia kobiecej strony natury poety, ile raczej wychowania odebranego w domu rodzinnym, pod kuratelą światłej i dbałej o edukację synów matki - Anny z Białaczowa herbu Odrowąż.

Natomiast to, co działo się przez kilka wieków - i dzieje się nadal - wokół biografii Kochanowskiego i pośmiertnych losów, zwłaszcza wokół jego tzw. szczątków doczesnych oraz wokół jego rodzinnych i "domowych" stron i miejsc, to jest często, i bez przesady, najprawdziwszy horror. Otóż wspomniana wyżej, wzniesiona w 1610 r. kaplica Kochanowskich w Zwoleniu, była trzecim miejscem pochówku doczesnych szczątków Jana Kochanowskiego, ale nie ostatnim. Nie wiedzieć dlaczego, 39 lat po wyjęciu z trumny czaszki poety, czyli w roku 1830 (dokładnie w trzechsetną rocznicę urodzin Mistrza Jana!), jego prochy usunięto z krypty w Zwoleniu i zakopano gdzieś obok kościoła, a na początku XX w. przeniesiono dalej, i to w miejsce nieznane nawet jego naukowym biografom. Tak twierdzi Janusz Termer w recenzji książki Kazimierza Boska „Na tropie tajemnic Jana z Czarnolasu” (Wydawnictwo Aula, Warszawa 2011). W Wikipedii natomiast można przeczytać, że: w 1830 roku proboszcz parafii w Zwoleniu usunął wszystkie trumny rodziny Kochanowskiego z kaplicy przenosząc je do zbiorowej mogiły rodzinnej położonej nieopodal budynku kościoła. W 1983 roku wróciły do kaplicy, a ściślej do marmurowego sarkofagu w odrestaurowanej krypcie znajdującej się pod budynkiem. 21 czerwca 1984 roku zorganizowano symboliczny pogrzeb Kochanowskiego. Historię powrotu szczątków rodziny Kochanowskich do krypty kaplicy św. Franciszka bardziej szczegółowo opisuje E. Nowakowska na parafialnej stronie internetowej. Z tego opisu wynika, że dzięki staraniom zwoleńskich społeczników, w październiku 1981 roku ekipa archeologiczna Muzeum Okręgowego w Radomiu rozpoczęła prace od eksploracji w krypcie kaplicy Kochanowskich. Z miejsca tego wydobyto szczątki Anieli Kochanowskiej z Jasieńca (zm. 1834 r.). Jej trumna jako jedyna stała w krypcie nienaruszona. Spod powierzchni ziemi w krypcie wydostano ponadto kości innych członków rodziny Kochanowskich, które leżały tam przez wieki. Jak się okazało uchowały się od przenosin w 1830 roku. W czerwcu 1982 r. ekipa badawcza rozpoczęła prace w kaplicy przedpogrzebowej obok kościoła, które kontynuowano do października 1982 r. Jednocześnie w tym czasie na terenie krypty i kaplicy trwały prace konserwatorskie, mające na celu przygotowanie krypty do przeniesienia prochów Rodziny Kochanowskich. W beczkowo sklepionej krypcie pod kaplicą wykonano posadzkę i umieszczono w niej nowo zaprojektowany sarkofag z zewnątrz obłożony marmurowymi płytami typu "Biała Marianna". Na górnej płycie sarkofagu wypisano mosiężnymi literami "Jan Kochanowski", z boku zaś wykuto w marmurze: "Jan Kochanowski wraz z rodziną i krewnymi w tym miejscu wspólnym od 1983". Ponadto w posadzce kaplicy wykonano właz wraz ze stalową drabiną, kratą i mosiężną tablicą zamykającą kryptę. Na niej wykuty napis – fragment Pieśni XII z ksiąg wtórych – "A jeśli komu droga otwarta do nieba/ Tym, co służą ojczyźnie. W roku 1983 złożyliśmy tutaj prochy poety Jana i rodziny Kochanowskich/ Polacy". Tablica po remoncie krypty i wykonaniu bezpiecznego zejścia, znajduje się od 2011 roku w krypcie rodowej Kochanowskich. Z ważniejszych prac konserwatorskich wymienić należy wykonanie 14 miedzianych pojemników (urn), w których zostały umieszczone szczątki kostne wydobyte podczas prowadzonych wykopalisk pod kaplicą przedpogrzebową. Ostatecznie prace poszukiwawczo-badawcze i konserwatorskie zakończono 29 grudnia 1983 roku złożeniem urn w krypcie kaplicy obok zainstalowanego sarkofagu. Po kilkunastu dziesiątkach lat poniewierki kości Kochanowskich, w tym prawdopodobnie także największego polskiego poety (w żadnym z opisów nie ma wzmianki o zidentyfikowaniu jego szczątków), powróciły na miejsce wiecznego spoczynku, do rodzinnej krypty. W dniu 21 czerwca 1984 roku, w Boże Ciało w czterechsetną rocznicę śmierci Jana Kochanowskiego, odbył się jego uroczysty kolejny pochówek. Czy ostatni? W tym niezwykłym wydarzeniu mającym doniosłe znaczenie dla polskiej kultury, wzięli udział aktorzy, ludzie nauki, duchowieństwo (homilię wygłosił kardynał Franciszek Macharski), pisarze, poeci, parafianie zwoleńscy, a także potomkowie rodu Kochanowskich. Trumnę poety (chyba symboliczną? – przyp. LD) owinięto w całun przyozdobiony orłem Jagiellonów i herbem rodowym Kochanowskich - Korwin. Mowę pożegnalną w imieniu środowisk twórczych wygłosił Zygmunt Kubiak, wybitny tłumacz i eseista. Prochy poety przy biciu dzwonów złożono w marmurowym sarkofagu w krypcie kaplicy Kochanowskich. Specjalnie na tę uroczystość Ojciec Święty, Jan Paweł II, nadesłał z Watykanu telegram, który jednak nie został oficjalnie odczytany.

Dzięki staraniom proboszcza i przychylności władz samorządowych centralnych, wojewódzkich, powiatowych i miejskich w lipcu 2009 roku została podpisana umowa na "Remont i konserwację zabytkowego zespołu sakralnego w Zwoleniu wraz z adaptacją starej plebanii dla potrzeb Centrum Regionalnego przy Nekropolii Jana Kochanowskiego" (z dofinansowaniem unijnym). Uroczyste otwarcie Centrum połączone z udostępnieniem krypty rodu Kochanowskich zwiedzajacym nastapiło w dniu 24 czerwca 2012 roku (godziny otwarcia pod adresem mailowym http://www.parafiakrzyza.zwolen.com.pl/centrum/index.html)